درس في الجزائر على يد الشيخ محمد بن السعيد بن زكري، وهو الأخير يعتبر احد الدعاة إلى التجديد في ميدان التعليم، واحد من النخبة المحافظة، ولقد كان بن الخوجة شديدا على أهل البدع وكان يرى أن العودة والتمسك بالدين الإسلامي كفيل بإنقاذ الجزائريين من الغرق في المدنية الغربية... ولكن هذا لا يعني أن بن خوجة قد انغلق على نفسه ولم يقبل الحضارة بل كانت نظرته عقلانية لمسائل العصر، وكرس حياته لخدمة الإسلام والوطن.

لقد كان بن الخوجة من المؤمنين بالأخذ بأفكار المصلحين المشارقة والتي يمكن عن طريقها إصلاح المجتمع، ولقد كان بن الخوجة احد تلاميذه الشيخ محمد عبده، ولذلك نجده كان مهتما بكل ما كان يصدر عن المشارقة وجرائد ومجلات مثل المؤيد والمصباح الشرق، المنار وغيرها من المنشورات التي تصل إلى الجزائر، وكانت هذه الأفكار عمله الإصلاحي والقاعدة التي يعتمد عليها في ذلك.

ألف بن الخوجة كتابه "إقامة البراهين العظام على نفي التعصب الديني في الإسلام"، ابرز من خلاله على ضرورة التخلي على العقلية المتحجرة والجمود الذي ساد الشعب ودعا المصلحين إلى تولي دورهم في المجتمع والذي يتمثل في الإصلاح والدعوة إلى النهوض به وذلك من خلال العودة إلى القيم والتعاليم الإسلامية وحذف ما هو زائد ومبتدع لا علاقة له بالأصل.

ولقد كان بن الخوجة من الأوائل الذين نادوا بإصلاح شؤون المرأة الجزائرية وتحريرها من الجهل في الحدود التي وضعها الدين الإسلامي، وقد ألف كتاب بعنوان "الاكتراث في حقوق الإناث"، يهدف من ورائه إبراز مكانة المرأة في الإسلامي، ويقنع به الجزائريين أن يعدلوا عن سلوكهم المعادي للمرأة وتحريرها من الجهل، كانت معالجته لموضوع المرأة في كتابه هذا معتمدا على آيات قرآنية وأحاديث نبوية، تبين مكانتها في الإسلام.

وألف كتاب "اللباب في أحكام الزينة واللباس والاحتجاب" حارب من خلاله البدع والخرافات والمعتقدات الباطلة والشائعة بين الشعب، وبين أثارها السلبية على المجتمع وتعرض أيضا في كتابه إلى قضية المرأة مرة أخرى.

لقد عاب بن الخوجة على الجزائريين قصور نظرهم في أمر دينهم ودنياهم وكيف أنهم أصبحوا يعزفون عن الذهاب للأطباء غير المسلمين بحكم أنهم كفار فبين ابن الخوجة في رسالة سماها "تنوير الأذهان" ألفها خصيصا لهذا الغرض، حيث حاول من خلال رسالته هذه التي اعتمد فيها على الأدلة القرآنية والأحاديث النبوية طالب من الشعب التخلي عن هذه العادة التي لا تمت بصلة إلى تعاليم الإسلام ودعا الشعب إلى الاستفادة من الأطباء غير المسلمين.

وما يمكن القول أن بن الخوجة كان له اثر كبير في حركة الإصلاح في الجزائر، وساهم بن الخوجة في حركة الأحياء التاريخية بوضع آثار الشيخ عبد الرحمان الثعالبي بين يدي المسلمين في الجزائر وكل إفريقيا، ولقد نشر آثار الثعالبي في قاموس طبع في الجزائر سنة 1910 بالمطبعة الثعالبية.